Uppruni al-Qaida er óviss, margt bendir hins vegar til þess að hópurinn hafi sprottið upp í kjölfar stríðsins í Afganistan á sjöunda og áttunda áratugnum. Árið 1978 komst kommúnistastjórn til valda sem olli því að út braust stríð í landinu. Sovétríkin réðust inn til að styðja við kommúnistastjórnina. Margir múslímskir uppreisnarhópar söfnuðust saman og börðust gegn sovésku og afgönsku herjunum. Bandaríkin, sem vilja hindra útbreiðslu kommúnismans, studdu við múslímsku uppreisnarhópana, bæði hernaðarlega og fjárhagslega. Margir meðlimir hópanna voru strangtrúaðir múslímar sem vildu berjast gegn kommúnistastjórninni. Talið er að Bandaríkin og Sádí Arabía hafi saman eytt tæplega 40 milljörðum dollara í stríðið gegn kommúnistastjórninni í Afganistan. Mest fjármagn er talið hafa farið til Íslamska hópsins Hizb-e-Islami, undir forystu Gulbuddin Hekmatyar, sem í dag berjast við hlið Talíbana í Afganistan. Íslamistar sögðu stríðið gegn sovésku innrásinni vera Jihad, heilagt og lögmætt stríð gegn trúleysi og vantrú kommúnista. Stríðið kallaði að múslima alls staðar að úr heiminum í kjölarið, sérstaklega unga menn frá Sádí Arabíu, til að taka þátt í stríðinu Afganistan til hjálpar. Einn af þessum sádí-arabísku mönnum var Osama Bin Laden (fæddur 1957), leiðtogi al-Qaida.
Jafnvel þó að Sovétríkin hafi dregið sig út úr Afganistan árið 1989 héldu óeirðirnar áfram í mörg ár. Íslömsku öfgahóparnir litu á eftirgjöf kommúnista sem sigur og flestir lögðu niður vopn. Hinir yngstu og strangtrúuðustu héldu hins vegar baráttunni áfram í tilraun til að ná yfirráðum yfir Afganistan. Eftir margra ára skæruliðastríð tóku þeir völdin árið 1995 undir nafninu talibanar (nemar íslams). Auk talibana kom fram lauslegt bandalag lítilla öfgahópa sem leiddir voru af Osama Bin Laden, undir nafninu al-Qaida (bækistöðin). Bin Laden og aðrir leiðtogar í al-Qaida vildu efna til byltingar og hreinsa múslímska heiminn af öllum vestrænum áhrifum. Meðal annars studdi Bin Laden Íslamska jihadista sem ferðuðust til Bosníu til að berjast á móti Serbíu, og Íslamista sem börðust við Rússa í Kákasus. Þegar Omar al-Bahir ofursti framdi valdarán Íslamista í Súdan árið 1992 ferðuðust leiðtogar al-Qaida til Súdan, þar sem þeir komu á fót æfingabúðum og undirbjuggu aðgerðir næstu ára. Þeir vildu innleiða múslímska stjórn með Kóraninn sem einu lögin. Al-Qaida og Bin Laden héldu því fram að stærsta hindrunin fyrir slíkri þróun væru Vesturlönd og þá fyrst og fremst Bandaríkin.
Árið 1994 missti Bin Laden ríkisborgararétt sinn í Sádí Arabíu og var einnig formlega rekinn úr fjöldskyldu sinni þar. Þá þróaði hann náin tengsl við Íslamistahópa í Egyptalandi sem hófu stríð gegn stjórn Mubarak, forseta landsins.
Næstu árin urðu Bandaríkjamenn fyrir hryðjuverkaárásum víðs vegar um heiminn. Áhrif al-Qaida á þessar aðgerðir eru óviss. Margt bendir hins vegar til að hópurinn hafi átt þátt í bæði fyrstu árásinni á Tvíburaturnanna í New York 1993 og árásinni á bandaríska herþyrlu í Sómalíu sama ár. Árið 1996 sneru Bin Laden og aðrir al-Qaida leiðtogar til baka til Afganistan. Þar tók talibanastjórnin vel á móti þeim og aðstoðaði við uppbyggingu fleiri æfingabúða. Þar átti al-Qaida að þjálfa upp hermenn fyrir stríðið á móti Vesturlöndum og Bandaríkjunum. Óvíst er hversu margir fengu þjálfun í þessum búðum, en tölurnar eru frá 10.000 – 1.000.000.
Árið 1998 var Bin Laden í fyrsta sinn fyrir alvöru þekktur á Vesturlöndum. Hann og fjórir aðrir al-Qaida leiðtogar gáfu út fatwa (trúarlega sakfellingu) þar sem þeir halda því fram að það sé skylda hvers rétttrúaðs múslíma að drepa bandaríska ríkisborgara úti um allan heim. Næstu ár var al-Qaida viðriðið tvær hryðuverkaárásir gegn Bandaríkjunum. Árið 1998 voru sendiráð Bandaríkjanna í Kenía og Tansaníu sprengd. Tveimur árum seinna varð bandaríska herskipið USS Cole fyrir árás sjálfsmorðsárásarmanna frá Jemen. Það var þó fyrst eftir að hryðjuverkamenn tengdir al-Qaida rændu farþegaflugvélum og stýrðu þeim á Pentagon (Varnarmálaráðuneyti Bandaríkjanna), Tvíburaturnana og Pennsylvaníu 11. september 2001 að hópurinn varð þekktur út um allan heim. Það var eftir þessa árás sem forseti Bandaríkjanna, George W. Bush, lýsti yfir stríði gegn hryðjuverkum, í leit að þeim sem voru ábyrgir fyrir árásunum. Frá árinu 2001 hafa Bandaríkin og al-Qaida átt í stríði. Því sem áður var lauslegt bandalag lítilla öfgahópa var á Vesturlöndum lýst sem háþróaðri stofnun. Óvíst er hversu vel skipulagt al-Qaida er og var, en eitt er víst að samtökin eru mikilvæg fyrirmynd sambærilegra samtaka.
Bandaríkin ásamt fleiri vestrænum löndum, með samþykki öryggisráðs SÞ, réðust inn í Afganistan haustið 2001. Tilgangurinn var að handsama Bin Laden og steypa talibönum, stuðningsmönnum al-Qaida, frá völdum. Talíbanastjórnin féll stuttu seinna og með hjálp Norðurbandalagsins (e. Northern Alliance), sem barist hafði gegn Talíbanastjórn Afganistan frá árinu 1996, tóku Bandaríkin yfir höfuðborgina Kabúl á ekki meira en einum mánuði. Erfiðara reyndist að hafa uppi á Bin laden, en flestir al-Qaida leiðtogar flúðu og földu sig í fjöllunum á landamærum Pakistan og Afganistan.
Áframhaldandi stríð Bandaríkjanna gegn hryðjuverkum var ekki vel heppnað. Árið 2003 réðust Bandaríkin inn í Írak með það að markmiði að steypa Saddam Hussein af stóli. Bandaríkjamenn héldu því fram að Írak ætti gjöreyðingarvopn og væri í samstarfi við al-Qaida. Engin af ásökununum var staðfest. Innrásin hefur verið dæmd ólögleg og mörg Evrópulönd neita að viðurkenna hana. Auk þess gaf innrásin meðlimum al-Qaida nýjar ástæður til að berjast gegn Bandaríkjunum. Eftir innrásina hafa hermenn frá al-Qaida verið viðriðnir fjölda hryðjuverkaárása í Írak, bæði stríðsárásir og sjálfsmorðsárásir.
Eftir innrásina í Írak breyttist hlutverk al-Qaida. Áður fyrr einblíndu samtökin á þjálfun einstaklinga til hreinna hryðjuverka. Í seinni tíð hefur aukin áhersla verið á beinan hernað. Það er óvísst hversu vel skipulögð samtökin voru á árunum eftir að leiðtogar al-Qaida flúðu frá Afghanistan. Þó telja flestir sem þekkja til samtakanna að tekist hafi að halda einhvers konar tengiliðaneti hryðjuverkamanna um heim allan, sem ef til vill hefur verið innblásin af hugsjónum al-Qaida fremur en stjórnað beint af Bin Laden sjálfum. Stríðsmenn frá öllum heiminum hafa ferðast til Pakistan og Afganistan til að hljóta þjálfun í að berjast gegn bandaríska hernum í Írak. Að auki var staðið fyrir hryðjuverkaárásum á Spáni og í Bretlandi á árunum 2004 og 2005, en þau lönd eru nánir bandamenn Bandaríkjamanna. Í kjölfar þessara árása féll almennur stuðningur við stríðið í Írak gríðarlega í þessum tveimur löndum.
Ekki eru til nákvæmar upplýsingar um hvað al-Qaida hefur staðið að baki mörgum hryðjuverkaárásum. Auk eigin árása hafa gerðir hópsins verið innblástur fyrir aðra hryðjuverkamenn og nokkrir litlir hryðjuverkahópar með sömu markmið lýsa því yfir að þeir hafi tengsl við al-Qaida. Eftir hryðjuverkaárásirnar 11. september 2001 varð al-Qaida þekkt um allan heim. Í sumum múslímskum löndum eru samtökin orðin mikilvægt fordæmi um það hvernig berjast megi gegn vestrænum áhrifum. Á stórum hluta Vesturlanda er litið á al-Qaida sem ógn. Bin Laden náði þar með mikivægu markmiði: Að skipta heiminum í tvo hluta eftir ólíkum trúarbrögðum.
Átökin á milli al-Qaida og Bandaríkjanna má setja í samhengi við virka utanríkisstefnu Bandaríkjanna. Eftir fall Sovétríkjanna í byrjun níunda áratugarins standa Bandaríkin eftir sem eina stórveldi heims. Bandaríkin eru upptekin af því að verja eigin hagsmuni í stórum hluta heims og hafa komið upp herstöðvum í öllum heimsálfum. Stuðningur Bandaríkjamanna við Ísrael og hegðun þeirra í löndum eins og Írak og Afganistan hefur gert landið að aðalóvini margra múslímskra hópa.
Trúarleiðtogar múslima hafa flestir tekið ákvörðun um halda sig í fjarlægð frá al-Qaida og aðferðum samtakanna. Meintar tilraunir samtakanna til að hefja skipulagða borgarastyrjöld í Írak hafa einnig verið óvinsælar. Á sama tíma hafa margir fyrrverandi leiðtogar al-Qaida verið fangelsaðir eða myrtir í átökum við Bandaríkjamenn. Þann fyrsta maí árið 2011 opinberaði Barack Obama andlát Osama bin Laden, og samkvæmt heimildum var bin Laden myrtur af hópi bandarískra sérsveitarmanna í Pakistan. Staðfesting á að líkið hafi verið af bin Laden á að hafa farið fram með samanburði á DNA úr líkinu og DNA úr systur bin Ladens. Samkvæmt heimildum bandaríska hersins var líkið svo „grafið á sjó.“
Eftir dauða Osama bin Ladens hefur Ayman al Zawairi tekið við forystu al-Qaida. Hinn rúmlega 60 ára gamli leiðtogi kemur úr auðugri fjölskyldu frá Egyptalandi, hefur mikla menntun og starfaði beint undir bin Laden til dauða hans. Al-Zawahiri hefur oft verið nefndur heilinn á bakvið al-Qaida, en er sagður skorta persónutöfrana sem bin Laden hafði.
Átökin á milli al-Qaida og Bandaríkjanna eru viðbót við nýja hnattræna stefnu: sífellt færri átök eiga sér stað á milli landa heims, en fjöldi átaka innan ríkja hefur aukist. Átökum á milli landa lýkur oftast með friðarsamningum eða sigri annars aðilans á hinum. Átök innan ríkja hafa oft enga greinilega byrjun eða enda og oft berjast hópar eða samtök sem hafa engan opinberan leiðtoga. Þessi þróun er ný ógn og hefur breytt möguleikunum til að fást við átök. Þetta gerir það að verkum að sérstaklega erfitt er að fá skýra mynd af afleiðingum þessara átaka og hvernig þau koma til með að þróast í framtíðinni.
